Pada tanggal 23 November 2016, senat universitas telah melakukan e-Voting tahap 1 untuk memilih 10 calon rektor dan 6 calon wakil rektor di setiap bidang. Berikut ini daftar nama calon rektor terpilih yang redaksi himpun dari website my.ums.ac.id:
| Calon Rektor | Calon Wakil Rektor 1 | Calon Wakil Rektor 2 | Calon Wakil Rektor 3 | Calon Wakil Rektor 4 |
| Khudzaifah Dimyati | Natangsa Surbakti | Syamsuddin | Taufik | Syamsul Hidayat |
| Syamsuddin | Sri Sunarjono | Triyono | Moordiningsih | Ari Anshori |
| Natangsa Surbakti | Muhammad Da’i | Bambang Sumardjoko | Bambang Sumardjoko | Agus Ulinuha |
| Ari Anshori | Triyono | Sarjito | M. Farid Wajdi | MA Fattah Santoso |
| Sofyan Anif | Supriyono | M. Farid Wajdi | Muchamad Iksan | Supriyono |
| Muhammad Wahyuddin | Agus Ulinuha | Herry Purnama | Muhammad Wahyuddin | Sofyan Anif |
| Muhammad Musiyam | ||||
| Sarjito | ||||
| Muhammad Da’I | ||||
| MA Fattah Santoso |
Tahap selanjutnya adalah permohonan rekomendasi (tes kompetensi al islam dan kemuhammadiyahan). Ke PWM Jateng terhadap nama-nama calon terpilih.
